New York će još jednom poslužiti kao mjesto radnje velike tragedije i pokušaja nasilnog preuzimanja vlasti u Americi od strane zlih, zlih ljudi. Ono što Prototype čini zanimljivim jest glavni junak koji prilično neugodan anti junak.
Alex Mercer se ne sjeća ničeg kada se probudi u New Yorku i jedino što zna jest da je njegovo tijelo izobličeno i pretvoreno u stroj za ubijanje. Prisjećajući se svoje prošlosti djelić po djelić Alex shvaća da su na njemu vršeni eksperimenti genetskog inženjeringa i uskoro otkriva vrlo neugodnu istinu o sebi – hraniti se može samo ljudskim dušama. Na početku igre vaše žrtve će biti obični ljudi koje ćete na vrlo neugodne načine ubijati svojim dugačkim, oštrim kandžama. Osim što će vas ljudsko meso nahraniti, a duša okrijepiti apsorbirati ćete i sva pamćenja ubijene osobe. To će vam pomoći da shvatite što se u gradu događa. Djelomično ćete preuzeti i fizička obilježja ubijene osobe što će vam olakšati kretanje u gradu. Imajte ipak na umu da izgledate prilično neugodno i da svakim hranjenjem povećavate svoju masu pa je malo vjerojatno da ćete se moći potpuno neopaženo kretati gradom. Osim što želite riješiti misteriju vlastitog nastanka i amnezije vaš zadatak je i spasit Ameriku od grupe po imenu “Black Watch Special Forces” koja želi preuzeti vlast.
Autori naglašavaju da će se gradom moći kretati u GTA maniri i da neće ni na koji način biti ograničeni u slobodnom lutanju gradom. S obzirom na prilične fizičke sposobnosti glavnog junaka jedan od glavnih načina kretanja je akrobatski ili točnije u parkour stilu. Kako se ljubitelji motornih vozila ne bi osjećali zakinutima Alex će moći ubiti bilo kojeg vozača automobila, motor, autobusa, helikoptera ili bicikla i oteti im prijevozno sredstvo. Premda nitko nije deklariran kao vaš neprijatelj kaotična situacija u gradu diktira da konstantno morate paziti na sebe i ne vjerovati nikome, poglavito kada se u priču umiješaju mutanti vrlo slični vama.
Iako su dostupne informacije vrlo šture proizvođač najavljuje i multiplayer opciju. Masivnog multiplayera neće biti jer koncept igre to ne dopušta, ali co-op način igranja bi se solidno mogao uklopiti u Prototype i definitivno mu povećati vrijednost.